мне нравится текущая реализация монстры.
собственно с mysql на ней я веду разработку примерно около месяца.
1. В качестве хелпера использую готовый класс goDB (только вырезал отладку, потому как со встроенной в монстре конфликтует). Почему его - поддерживает транзакции, плейсхолдеры, мультизапросы, неймспейсы. Считаю, что писать свой костыль излишне при имеющемся готовом классе.
2. В качестве задания настроек подключения базы написал плагин в админку, который через хук пререндер создаёт неймспейс подключения другим плагинам. Это позволяет использовать одно ленивое подключение на весь проект.
3. В других плагинах работа с базой начинается с инициализации переменной по неймспейсу, а дальше идут обычные конструкции $db->query().
Собственно, не вижу смысла как-либо менять архитектуру монстры. Реализация авторизации на файлах вполне себе жизнеспособна. Функционал мускуля через плагины - тоже.
Через пару дней выложу авторизацию и плагин п.2 и оцените.
Страдание фигнёй на рабочем месте развивает боковое зрение, слух, скорость реакции и бдительность в целом.